चकमा के शरणार्थियों के बांग्लादेश के चीटागोंग पहाड़ी क्षेत्र में उनके पुनर्वास का मुद्दा भी दोनों देशों के मध्य विवाद का विषय बना हुआ है। बांग्लादेश ने इस शरणार्थियों को अपने क्षेत्र में निवास कराने से इनकार करता रहा है।
इस समस्या पर विवाद और गहरा जाता है, जब कभी शरणार्थियों की सुरक्षा, मानव अधिकार, विद्रोही गुटों को शरण देना, शांति सेना की स्थापना आदि के साथ जोड़ा जाता है। यह विषय अभी भी समाधान हेतु लंबित है।
