जैविक कारणः एक व्यक्ति का नपुसंक के रूप में जन्म लेना अर्थात् लैंगिक अंगों का विकास न होना। ऐसा विश्वास किया जाता है कि वे सभी इंटरसेक्स विभिन्नता के साथ पैदा होते हैं, किंतु यह सही नहीं है। हिजड़ा पुरुष के रूप में पैदा होते हैं किन्तु विभिन्न कारणों से वे विपरीत लिंग में बदल जाते हैं।
महिला के रूप में उनकी पहचानः लोग जो अपने आपकों स्त्री समझते हैं और लड़कियों की तरह ड्रेस पहनना पसंद करते हैं और घर से भाग जाते हैं या माता-पिता द्वारा इनका परित्याग कर दिया जाता है, वे हिजड़ा समुदाय में शामिल हो जाते हैं।
समलैंगिकताः कुछ लोग अपने समलैंगिक इच्छा की पूर्ति के लिए हिजड़ा के रूप में परिवर्तित हो जाते हैं।
